京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定

この記事で行われるMacローカルでのRStudio Serverの構築法は推奨しておらず(2020年9月13日現在)、 この記事に辿り着かれた方は、下記の記事で、Dockerを使ったRStudio Serverの構築法を参照ください。

skume.hatenablog.com

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RStudio Serverは、PCやサーバー上で動作する、R言語のブラウザベース・インターフェイス(ブラウザ型RStudio)である。 通常、クライアントPCで計算コストが高い作業をすると、当然PCが別作業で使えなくなる*1。 そこで別にPCやサーバーがネットワーク上にあれば、そちらで高負荷な計算を実行しておいて、手元のPCでは別作業できる環境が、RStudio Serverで簡単に作れてしまう。

RStudio Serverには、一般的なブラウザ(ChromeFirefoxSafariとか)でアクセスできるので、RStudio Serverごとに別作業できたりする。

RStudio Serverのインストールと設定は初心者には難しいけど、このTipsを読めば、簡単にできる*2

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目次とか

macOS X編 RStudio ServerのインストールのTips

続けて、RStudio Serverの設定

OpenSSLのダウングレードとスイッチ

Nginxを使った8787ポートのリダイレクト設定

参考文献

macOS X編 RStudio ServerのインストールのTips*3

実行環境

iMac (Retina 5K, 27-inch, Late 2015)
macOS Catalina 10.15.4

1. Rとか関連パッケージをHomebrewでインストールする

いつも通り、brew コマンドでパッケージを入れる。

$ brew update                             # 念のために
$ brew install r openssl ant
$ brew tap randy3k/r
$ brew install r-x11

2. RStudio Serverをインストールする

rstudio-serverは brewsci/base にあるので、tapで追加する。

$ brew tap brewsci/base
$ brew install rstudio-server

このとき、下記のようなエラーが出た場合には、

Error: The following directories are not writable by your user:
/usr/local/share/man/man5

You should change the ownership of these directories to your user.
  sudo chown -R $(whoami) /usr/local/share/man/man5

And make sure that your user has write permission.
  chmod u+w /usr/local/share/man/man5

メッセージの指示通り、コマンド実行して、man5 フォルダの書き込み権限を変える。

$ sudo chown -R $(whoami) /usr/local/share/man/man5

$ chmod u+w /usr/local/share/man/man5

実際には、Rstudio Serverのインストールがうまくいけば、こんな感じになる。

$ brew install rstudio-server
==> Installing rstudio-server from brewsci/base
==> Downloading https://linuxbrew.bintray.com/bottles-base/rstudio-server-1.2.50
==> Downloading from https://akamai.bintray.com/25/255ef12e823fc4f2a3e4c3f673cda
######################################################################## 100.0%
==> Pouring rstudio-server-1.2.5001.mojave.bottle.tar.gz
Warning: brewsci/base/rstudio-server dependency gcc was built with a different C++ standard
library (libstdc++ from clang). This may cause problems at runtime.
==> Caveats
- To test run RStudio Server,
    /usr/local/opt/rstudio-server/bin/rserver --server-daemonize=0

- To complete the installation of RStudio Server
    1. register RStudio daemon
        If it is an upgrade or the plist file exists, unload the plist first
        sudo launchctl unload -w /Library/LaunchDaemons/com.rstudio.launchd.rserver.plist

        sudo cp /usr/local/opt/rstudio-server/extras/launchd/com.rstudio.launchd.rserver.plist /Library/LaunchDaemons/
        sudo launchctl load -w /Library/LaunchDaemons/com.rstudio.launchd.rserver.plist

    2. install the PAM configuration
        sudo cp /usr/local/opt/rstudio-server/extras/pam/rstudio /etc/pam.d/

    3. sudo rstudio-server start

- In default, only users with id >1000 are allowed to login. To relax the
  requirement, add the following line to the configuration file located
  at `/etc/rstudio/rserver.conf`

    auth-minimum-user-id=500
==> Summary
🍺  /usr/local/Cellar/rstudio-server/1.2.5001: 1,366 files, 298.2MB

ここで、「To complete the installation of RStudio Server」ということを書いてあって、まだインストールは終わっていないらしい*4

3. To complete the installation of RStudio Server

さらに以下の3行のコマンドを実行する。

$ sudo cp /usr/local/opt/rstudio-server/extras/launchd/com.rstudio.launchd.rserver.plist /Library/LaunchDaemons/

$ sudo launchctl load -w /Library/LaunchDaemons/com.rstudio.launchd.rserver.plist

$ sudo cp /usr/local/opt/rstudio-server/extras/pam/rstudio /etc/pam.d/

これで、RStudio Serverのインストールは完了で、ログインできるかと思いきや。ここでアクセスすると、うまくログインできない。

f:id:skume:20200508033858p:plain:w400

続けて、RStudio Serverの設定が必要である。

デフォルトではRStudio Serverの設定フォルダ、設定ファイルはない。

$ ls /etc/rstudio
ls: /etc/rstudio: No such file or directory

そこで、まずrstudioフォルダを作成する。

$ sudo mkdir /etc/rstudio

そして、rserver.confとrsession.confという設定ファイルを作成する。

rserver.confの作成・設定

まず、rserver.confを作成して、編集する。

$ sudo vim /etc/rstudio/rserver.conf

中身は下記の通り記載する。

www-address=127.0.0.1  
auth-minimum-user-id=500

rserver.conf を保存して閉じる。

いちおう、中身を確認しておく。

$ cat /etc/rstudio/rserver.conf

rsession.confの作成・設定

次に、rsession.confを作成して、編集する。

$ sudo vim /etc/rstudio/rsession.conf

中身は下記の通り記載する。

r-cran-repos=https://cran.csiro.au/
session-timeout-minutes=0

rsession.confを保存して閉じる。「r-cran-repos」については好みのリポジトリを設定すると良い。

いちおう、中身も確認しておく。

$ cat /etc/rstudio/rsession.conf

ここで一度、RStusio Server Localhostが起動できてるかを確認する*5

$ sudo rstudio-server start
$ open http://localhost:8787   # あるいは open http://[IPアドレス]:8787

f:id:skume:20200508032848p:plain:w400

PCと同じ、User NameとPassworを入力すると、RStudioのインターフェイス画面に入れる。

f:id:skume:20200507214951p:plain:w400

ただ、2020年4月時点では、まだエラーが出る

OpenSSLのダウングレードとスイッチが必要である

こういう出力になって、Localhostにもアクセスできない場合の対処について説明する。

dyld: Library not loaded: /usr/local/opt/openssl/lib/libssl.1.0.0.dylib
  Referenced from: /usr/local/Cellar/rstudio-server/1.2.5001/rstudio-server/bin/rserver
  Reason: image not found

f:id:skume:20200507215000p:plain:w400

このとき、OpenSSLのバージョンがが、1.1 になっているはず。 インストールされているOpensslのバージョンを確認してみると

$ brew list openssl
/usr/local/Cellar/openssl@1.1/1.1.1g/.bottle/etc/ (7 files)
/usr/local/Cellar/openssl@1.1/1.1.1g/bin/c_rehash
/usr/local/Cellar/openssl@1.1/1.1.1g/bin/openssl
/usr/local/Cellar/openssl@1.1/1.1.1g/include/openssl/ (104 files)
/usr/local/Cellar/openssl@1.1/1.1.1g/lib/libcrypto.1.1.dylib
/usr/local/Cellar/openssl@1.1/1.1.1g/lib/libssl.1.1.dylib
/usr/local/Cellar/openssl@1.1/1.1.1g/lib/engines-1.1/ (2 files)
/usr/local/Cellar/openssl@1.1/1.1.1g/lib/pkgconfig/ (3 files)
/usr/local/Cellar/openssl@1.1/1.1.1g/lib/ (4 other files)
/usr/local/Cellar/openssl@1.1/1.1.1g/share/doc/ (3964 files)
/usr/local/Cellar/openssl@1.1/1.1.1g/share/man/ (3964 files)

確かに、OpenSSLのバージョンが1.1である。そこで、openssl 1.0.2t をbrewでインストールする*6

$ brew install https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/homebrew-core/64555220bfbf4a25598523c2e4d3a232560eaad7/Formula/openssl.rb

次に、openssl 1.0.2tに切り替えて、Active バージョンを確認してみる。

$ brew switch openssl 1.0.2t
$ brew list openssl
/usr/local/Cellar/openssl/1.0.2t/.bottle/etc/ (8 files)
/usr/local/Cellar/openssl/1.0.2t/bin/c_rehash
/usr/local/Cellar/openssl/1.0.2t/bin/openssl
/usr/local/Cellar/openssl/1.0.2t/include/openssl/ (75 files)
/usr/local/Cellar/openssl/1.0.2t/lib/libcrypto.1.0.0.dylib
/usr/local/Cellar/openssl/1.0.2t/lib/libssl.1.0.0.dylib
/usr/local/Cellar/openssl/1.0.2t/lib/engines/ (12 files)
/usr/local/Cellar/openssl/1.0.2t/lib/pkgconfig/ (3 files)
/usr/local/Cellar/openssl/1.0.2t/lib/ (4 other files)
/usr/local/Cellar/openssl/1.0.2t/share/man/ (1683 files)

これがうまくいけば、rstudio-server を再実行して、ブラウザで確認する。

$ sudo rstudio-server start
$ open http://localhost:8787   # あるいはopen http://[IPアドレス]:8787

http://localhost:8787」とかをブラウザのブックマークとして保存しておくとアクセスが楽になる。

rstudio-serverのコマンド補足*7

$ sudo rstudio-server stop      # rstudio-serverの停止

$ sudo rstudio-server status    # rstudio-serverの状態確認

start、stop、status しか使わないので、簡単。

できればやってほしい、Nginxを使った8787ポートのリダイレクト設定

これをすることで、「http://localhost/rstudio/ # あるいはopen http://[IPアドレス]/rstudio/」でアクセスできるようになる。

1. nginx をインストールする

$ brew install nginx --ignore-dependencies

2. nginxの設定ファイルを作成して、編集する

$ vim /usr/local/etc/nginx/servers/default.conf

default.confには、下記の通り記載する。

server {
    listen 80;
    server_name localhost;
 
location /rstudio/ {
      rewrite ^/rstudio/(.*)$ /$1 break;
      proxy_pass http://localhost:8787;
      proxy_redirect http://localhost:8787/ $scheme://$http_host/rstudio/;
    }
}

default.confを保存して閉じる。

3. nginxを起動して、RStudio Serverを確認してみる*8

$ sudo nginx
$ open http://localhost/rstudio

これで、アクセスできればOK。 ただし、ローカルホストPCからの場合は、 open http://localhost:8787でもアクセス可能である。

念のため、別PCからもアクセスして確認してみる*9

「http://[IPアドレス]/rstudio」でアクセスできて、「http://[IPアドレス]:8787」でアクセスできないなら、大丈夫。

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こんな感じで、8787ポートでアクセスできないなら、OK。

最後に

快適なRstudio Serverライフをお楽しみください。

補足(1)HPにアクセスして、RStudio Desktop をインストールする場合

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1. R( R 3.0.1+)のインストール
2. RStudio Desktopのダウンロード
3. RStudio DesktopアプリケーションをApplicationフォルダにクリック&ドロップ

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補足(2)Homebrewで、R/RStudiのデスクトップ版をインストールする場合

$ brew cask install r
$ brew cask install rstudio

#Appが既にインストールされている場合
$ brew cask install --force rstudio

完了後に、ApplicationフォルダにR/RStudioのアプリケーションが入っている*10

参考文献

qiita.com

*1:PCがフリーズして止まるのも嫌だし

*2:はずだろう

*3:CentOS編もまたの機会に作ります。

*4:libstdc++の問題はとりあえずスルー

*5:Localhost => Localhostの接続で確認する

*6:OpenSSLのバージョン違いをインストールするのはなかなか面倒くさい。

*7:今回は特段実行しなくて良い

*8:Localhost => Localhostの接続で確認する

*9:別PC => インストールされたPC(上記でいうところのLocalhost)の接続で確認する

*10:はず