京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

久々に日常をまとめてみる

フィリピン留学の時以来、13年ぶりくらいにブログを始める。 私事ながら、この4月に、ある国立研究所から大学に赴任した。

7年ぶりの大学での研究生活を楽しむのと、最近のパンデミックな情勢で、諸々の雑務がかなり少なくなった。 これも、ちょうど溜まった資料とかデータ解析メモとかをまとめていくチャンスなのかと思う。 一方で、論文執筆からの逃避行なのかもしれないけども、、、

いまさらながら、手持ちの資料やScriptとかをウェブ媒体にしておいた方が 自身のPC内カオスから探し出すよりも、よっぽど効率的というのもある。 こういう積み重ねで、この活動が論文執筆の一助となるとも期待したい。

使用しているPC環境に合わせたかたちで、実例や関連資料、メモをストックすることで、 自分にとって実益があることをまずは念頭において作成するが、 ゆくゆくは、初学の方に伝える際に少しでも手間が減らせればとも願っている。 また、過去に論文で使ったScriptも紹介、GitHubへのアップも出来ればと願う。 開発中のRパッケージの状況も載せれたらと思う。 (少々細かい説明は抜けているかもしれないが、あしからず)

私の現時点として、

(専門分野)
・ 生命科学、生物情報学、生化学、生物物理学、分析生化学
・ Data Science、多変量解析
・ 電子顕微鏡技術
・ 機械学習、ディープラーニングの生物学分野への応用
・ セマンティックウェブ技術、LOD (Linked Open Data)

(コンピュータ言語・ツール関連)
・ IGOR 4年ほど(大学院時代に使っていたが、今はuninstall済み)
・ R言語/RStudio 7.5年ほど(ほぼメイン)
・ シェルスクリプト 少々(時々使う)
・ Python 少々(時々使う)
・ ImageJ/Fiji 1-2年程度

(Publications・研究助成)
・ 原著英語論文 17報(うち、筆頭著者6報くらい)
・ 総説 5報くらい(ほとんど日本語)
・ 科研費 3件(うち、継続課題1件)

今後のスキルアップと業績向上を願う。