京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

Terminalコマンド - wget

Mac版wgetでGoogle DriveからファイルをダウンロードするTips〜フォルダの共通設定からwgetコマンド実行まで〜

最近、データを置いておくのに良さそうな公共リポジトリが見つからず、 やっぱ、Google Driveを使うのが無難かなと思いだしたので、その関連記事を書いてみた。 今回、Google Driveをデータリポジトリとして、データを公開して、 コマンドラインでそのデータ…

バーチャルスライドスキャナー画像(.ndpi)からオリジナルTIFFイメージを取り出す際のTips〜ギガバイトイメージの画像解析入門〜

今回、バーチャルスライドスキャナー画像(.ndpi)の取り扱い方を取り上げる。 .ndpiという画像フォーマットは、浜松ホトニクス社が提供するHamamatsu formatの1つである。 NDPIファイルは「独自メタデータを持つシングルファイルTIFF-likeな形式」であり、…

grepコマンド で基本的なテキスト処理をまとめてみた件

grep コマンドは、AppleのHPにファイル内の文字列を探すツールであると説明されているが、 grep コマンドを知ると、単に「文字列を探す」だけでなく、 いろいろな応用的な操作ができるようになる。 この記事では、Mac版 grepコマンド の基本的なテキスト処理…

macOS用パッケージマネージャー Homebrewのやり方をいつも微妙に忘れてしまう件

大学時代には、MacPortsを使っていたが、 ある後輩に勧められ、Homebrewを使うようになった。 特に、MacPortsがどうとかいうわけではないが、 それ以降、Macでのパッケージ・インストールは、Homebrew で行っている*1。 Homebrew は、macOS X用のパッケージ…