京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

Terminalコマンド

Mac版Dockerで、rocker/rstudio (= RStudio Server Docker Image)をトラブルフリーでセットアップしてみた件

過去の記事で、「【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定」を紹介した。 現状、MacローカルでのRstudio Server動作について、 バージョン・アップ等の問題で*1、少々動作が不安定な場合がある。 そのため、ローカル…

Macで、mds_storesのプロセスを消し出したら、Spotlightとの決別のサインかも!?

mds_store というMacのプロセスは、Spotlight のインデクスを作成するプロセスである。これに加えて、mdworkerというプロセスもあり、これらのプロセスが頑張って、Macのファイル検索システムであるSpotlight関連の機能を実現している。 知らず知らずのうち…

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その2】検索語のヒット数カウントとか検索語の前後文字の抽出とか色々

「grepコマンドによる文字列処理をやってみた」の続編である。 以前扱えていなかった内容をやっていきたい。 grepコマンドの基本については過去の記事を参照のこと。 skume.hatenablog.com skume.hatenablog.com まずは、サンプルデータをダウンロードする $…

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その1】ファイル内のテキストに対する処理とか

grepコマンドは、ある特定の文字列を含むものを取り出す・検索するときに使用する。 大別して、ファイル内のテキストに対してgrepを行うか、ファイル名に対してgrepを行うかでやり方が変わってくる。 やってることは単純だが、いろいろと応用できるので、今…

Jupyterで、RとかPythonとかシェルとかのセットアップをするの巻

Jupyter (ジュピター) は、対話型プログラミング用のブラウザ・インターフェイス と言えば良いのかな。PythonとかRとか、数十のプログラミング言語の動作環境として使えるのが魅力である。 大別して、Jupyter notebook と Jupyter lab という2種類のタイプ…

Macでの圧縮・解凍コマンドをメモっておく件

よく使う割にいつもネットで調べるはめになるので、、 このタイミングで、Mac Terminalでの圧縮と解凍コマンドをメモっておく*1。 データ圧縮方式 / アーカイブ方式 .zip .tar .gz & .tar.gz & .tgz .bz2 & .tar.bz2 .tar.xz について、まとめてみた。 .zip …

【R言語】データサイズ・行数が異なるテキストファイルにおけるファイル読み込み関数の速度比較

最近、数GBを超えるテキストデータを扱うようになり、今更ながら、Rのファイル読み込み関数の速度比較について一度検討してみた。 今回、以下の3つのファイル読み込み関数について調査してみた。 utils::read.table関数 data.table::fread関数 readr::read_…

GitHub API( git & gist コマンド )の使い方入門

GitHub は、ソフトウェア開発のプラットフォームである。また、ソフトウェア開発者のみならず、ソフトウェア・ユーザーにとっても、ほぼ必須といえる、コード共有のコミュニティでもある。 GitHubリポジトリにアクセスする際のAPIである git コマンド、手軽…

Homebrew を使って、Python3をインストールしたときの設定諸々

Anacondaは使わずに、 Homebrewでインストールして、Python3をPyhonコマンド、pip3をpipコマンドとして使う。IDEは重たくて使わないという、非Anaconda派に向けて。 私はPythonもRStudio派ですけど。 Homebrew でPython3をインストールする。 実行環境 mac…

【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定

この記事で行われるMacローカルでのRStudio Serverの構築法は推奨しておらず(2020年9月13日現在)、 この記事に辿り着かれた方は、下記の記事で、Dockerを使ったRStudio Serverの構築法を参照ください。 skume.hatenablog.com ############################…

grepコマンド で基本的なテキスト処理をまとめてみた件

grep コマンドは、AppleのHPにファイル内の文字列を探すツールであると説明されているが、 grep コマンドを知ると、単に「文字列を探す」だけでなく、 いろいろな応用的な操作ができるようになる。 この記事では、Mac版 grepコマンド の基本的なテキスト処理…

macOS用パッケージマネージャー Homebrewのやり方をいつも微妙に忘れてしまう件

大学時代には、MacPortsを使っていたが、 ある後輩に勧められ、Homebrewを使うようになった。 特に、MacPortsがどうとかいうわけではないが、 それ以降、Macでのパッケージ・インストールは、Homebrew で行っている*1。 Homebrew は、macOS X用のパッケージ…