京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

Python

PubMed API と googletrans を使って、PubMed掲載論文のAbstract和訳をRでやってみた件

論文のトレンド解析であったり、個別の論文情報、主に要旨(Abstract)を取得してみた。 もう少し発展させて、Abstractの英文テキストの和訳をして、Rmarkdownのレポート作成するまでをやってみた。 今回扱う、RISmed パッケージは、PubMedを含むNational Ce…

Rの「reticulate」を使えば、Pythonライブラリがインポート・実行できる。そして、R上で「googletrans」を用いた日英翻訳をやってみた件

Rの reticulateパッケージは、Python と R の連携性を高めるツール群である*1。 つまりは、Rセッション内でPythonのスクリプトやライブラリをインポートして、シームレスにPythonコードを実行できるなど、RからPythonを呼び出すことができる。 また、RとPyth…

Jupyterで、RとかPythonとかシェルとかのセットアップをするの巻

Jupyter (ジュピター) は、対話型プログラミング用のブラウザ・インターフェイス と言えば良いのかな。PythonとかRとか、数十のプログラミング言語の動作環境として使えるのが魅力である。 大別して、Jupyter notebook と Jupyter lab という2種類のタイプ…

Homebrew を使って、Python3をインストールしたときの設定諸々

Anacondaは使わずに、 Homebrewでインストールして、Python3をPyhonコマンド、pip3をpipコマンドとして使う。IDEは重たくて使わないという、非Anaconda派に向けて。 私はPythonもRStudio派ですけど。 Homebrew でPython3をインストールする。 実行環境 mac…