京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

Homebrew

R言語で実行するSudachiPyによる日本語形態素解析

SudachiPyは、日本語形態素解析器SudachiのPython版である。 今回、R/RStudio上でのSudachiPyの実行例を概説する。 個人的には、RユーザーにとってPythonパッケージがR環境上で実行できると、いろいろと良いのでは考えている*1。 例の如く、HomeBrewでPython…

GitHub API( git & gist コマンド )の使い方入門

GitHub は、ソフトウェア開発のプラットフォームである。また、ソフトウェア開発者のみならず、ソフトウェア・ユーザーにとっても、ほぼ必須といえる、コード共有のコミュニティでもある。 GitHubリポジトリにアクセスする際のAPIである git コマンド、手軽…

Homebrew を使って、Python3をインストールしたときの設定諸々

Anacondaは使わずに、 Homebrewでインストールして、Python3をPyhonコマンド、pip3をpipコマンドとして使う。IDEは重たくて使わないという、非Anaconda派に向けて。 私はPythonもRStudio派ですけど。 Homebrew でPython3をインストールする。 実行環境 mac…

【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定

この記事で行われるMacローカルでのRStudio Serverの構築法は推奨しておらず(2020年9月13日現在)、 この記事に辿り着かれた方は、下記の記事で、Dockerを使ったRStudio Serverの構築法を参照ください。 skume.hatenablog.com ############################…

Homebrewで Java の特定バージョンをインストールするときのTips

Homebrewのインストール・環境設定のやり方については以前の記事を参考にしてください。 skume.hatenablog.com Java について Javaは、クラスベースのオブジェクト指向の汎用プログラミング言語である。 現在、JavaはOracle社から配布されているが、 ダウン…

macOS用パッケージマネージャー Homebrewのやり方をいつも微妙に忘れてしまう件

大学時代には、MacPortsを使っていたが、 ある後輩に勧められ、Homebrewを使うようになった。 特に、MacPortsがどうとかいうわけではないが、 それ以降、Macでのパッケージ・インストールは、Homebrew で行っている*1。 Homebrew は、macOS X用のパッケージ…