京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

翻訳

PubMed API と googletrans を使って、PubMed掲載論文のAbstract和訳をRでやってみた件

論文のトレンド解析であったり、個別の論文情報、主に要旨(Abstract)を取得してみた。 もう少し発展させて、Abstractの英文テキストの和訳をして、Rmarkdownのレポート作成するまでをやってみた。 今回扱う、RISmed パッケージは、PubMedを含むNational Ce…

Rの「reticulate」を使えば、Pythonライブラリがインポート・実行できる。そして、R上で「googletrans」を用いた日英翻訳をやってみた件

Rの reticulateパッケージは、Python と R の連携性を高めるツール群である*1。 つまりは、Rセッション内でPythonのスクリプトやライブラリをインポートして、シームレスにPythonコードを実行できるなど、RからPythonを呼び出すことができる。 また、RとPyth…