京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

グラフ可視化

PubMed API と googletrans を使って、PubMed掲載論文のAbstract和訳をRでやってみた件

論文のトレンド解析であったり、個別の論文情報、主に要旨(Abstract)を取得してみた。 もう少し発展させて、Abstractの英文テキストの和訳をして、Rmarkdownのレポート作成するまでをやってみた。 今回扱う、RISmed パッケージは、PubMedを含むNational Ce…

R/Keras/TensorFlowでやる『ディープラーニング(Deep Learning)』のすゝめ【その2】教師なしニューラルネットワーク Autoencoder with 2D CNNの実装、そして色ムラ・ノイズ除去(Denoising)をやってみた件

「R/Keras/TensorFlowでやるディープラーニングのすゝめ」の連載2回目です。 【1】では、ベクトルデータに対する Autoencoderを取り上げたが、 今回は、 2D Convolutional Neural Network (CNN: 畳み込みニューラルネットワーク) を使ったAutoencoderの実…

R/Keras/TensorFlowでやる『ディープラーニング(Deep Learning)』のすゝめ【その1】教師なしニューラルネットワークDeep Autoencoder のsimple modelをやってみた件

Rで、ディープラーニング( Deep Learning )をやるというのが最近の活動である。 【1】では、教師なしニューラルネットワークであるAutoencoder(オートエンコーダー)のsimple modelを実装してみる。 Autoencoder は、Encoder(元データから低次元への変換…