京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

Macで、mds_stores のプロセスを消し出したら、Spotlightとの決別のサインかも!?

Spotlightとの決別

mds_store というMacのプロセスは、Spotlight のインデクスを作成するプロセスです。これに加えて、mdworkerというプロセスもあり、これらのプロセスが良くも悪くも頑張ってくれるお陰で、Macのファイル検索システムであるSpotlight関連の機能を実現されています。

知らず知らずのうちに、mdsプロセスたちが動き出すと、CPU使用率を非常に消費するうえに、Mac本体の温度上昇も半端ないのです。

私の場合、mds_storeが動き出したと気づけば、即座に、アクティビティモニターでプロセスの息の根を止めていました。

ただ、mdsプロセスは大変しぶとく、すぐに復活してきます。。。

mds_storesに対するイライラが域値を超え、Spotlightとの決別を決めました。

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実行環境 & mds_storesのプロセスの止め方

MacOS Catalina (バージョン 10.15.6)

Spotlightとの決別でやることは、 Terminalを立ち上げて、以下のコマンドを打ち込むだけです。

# インデックス作成のOFF設定
$ sudo mdutil -a -i off

# 念のため、再度有効にする場合(インデックス作成のON設定)
$ sudo mdutil -a -i on

他の記事も見る限り、このコマンド実行のポイントは、 すべてのボリュームに適用する -a の 引数をいれることかと思います。

当然、デメリットとしては、Spotlightの機能がまったく使えなくなります。Terminalコマンドで言えば、find は使えますが、Spotlightで動いている mdfind コマンドは全く使えなくなります。

まとめ

mdsプロセス問題、ファイル検索の利便性、どちらを選択するかは貴方次第です。

2020年、Spotlight / mdfind との決別を私は選択しました。

関連情報

「MaryCoreさん」のブログでは、Spotlightのプロセスである「mds」を強制終了する方法が紹介されていました。 Macの「アクティビティモニター.app」を起動して、該当のプロセスを選択し、ツールバーから「終了」を選択するとのことです。 この操作は「自己責任で行ってください。」とのことです。 ただ、この後、Spotlightプロセスは自動的に再起動するようです。 私は何度も試してますが、、、

marycore.jp

yamazさんのブログでは、「mds_storesがCPUを食いまくってたので切った」と報告されていました。同じく、ターミナルで、"sudo mdutil -a -i off"での実行をしているようです。

zenn.dev

「MacBookを快適に!快適なマックライフを~」さんの記事では、mdutilの実行など、詳しく説明されています。

fanblogs.jp

【Rのジミ〜な小技シリーズ】Rのどぎついレインボー・カラーを和らげて、使える色へと変換するTipsについて

はじめに

楽なので、Rのplot()時に、レインボー色(grDevices::rainbow)を使うんだけど、 お世辞にも良い色とは言えず、ドギツイ色を使うねと周囲から言われる。

今回、それを挽回するために、そのレインボー色を和らげる方法を紹介する。

rainbow関数では、16進数で表される「カラーコード」*1 + 透明度が出力される。 そのため、透明度の設定を変更すると、程良いレインボー・カラーにすることができる。

例えば、grDevices::rainbow(10)の出力結果は、次のようになる。

grDevices::rainbow(10)

 [1] "#FF0000FF" "#FF9900FF" "#CCFF00FF"
 [4] "#33FF00FF" "#00FF66FF" "#00FFFFFF"
 [7] "#0066FFFF" "#3300FFFF" "#CC00FFFF"
[10] "#FF0099FF"

最後の2桁 FF は、透明度ゼロ(非透明)という意味になるので、 そこを数字に置き換える。

この文字列処理には、文字列の部分抽出ができる、base::substr関数を使用する。 substr関数で、カラーコードの1文字目から7文字目までを抜き出して、 任意の数字2桁とくっ付ければ、色変換ができる。

実際に、FF、80、60、40、20でのプロット結果を見てみる*2

レインボー色(grDevices::rainbow関数)の設定

レインボー・カラー 透明度 FF

#プロットデータ
Data <- data.frame(X=1:10, Y=1:10)

#par設定
par(family="HiraKakuProN-W3", lwd=1.5, xpd=F, 
    mgp=c(2.5, 1, 0), mai=c(0.7,0.7, 0.2, 0.2))

#レインボー・カラー 透明度 FF
col100 <- rainbow(10)
col100
#上記と同じ
# [1] "#FF0000FF" "#FF9900FF" "#CCFF00FF"
# [4] "#33FF00FF" "#00FF66FF" "#00FFFFFF"
# [7] "#0066FFFF" "#3300FFFF" "#CC00FFFF"
#[10] "#FF0099FF"

plot(Data, cex=10, pch=21, col=1, bg=col100, xlim=c(0,11), ylim=c(0,11))

#図保存 for Mac
#quartz.save(paste("C100.png", sep=""), type = "png", dpi = 200)

https://kumes.github.io/Blog/Rainbow_plot/C100.png

レインボー・カラー 透明度 80

#レインボー・カラー 透明度 80
col80 <- paste(substr(rainbow(10), 1, 7), "80", sep="")

col80
# [1] "#FF000080" "#FF990080" "#CCFF0080"
# [4] "#33FF0080" "#00FF6680" "#00FFFF80"
# [7] "#0066FF80" "#3300FF80" "#CC00FF80"
#[10] "#FF009980"

plot(Data, cex=10, pch=21, col=1, bg=col80, xlim=c(0,11), ylim=c(0,11))
#quartz.save(paste("C080.png", sep=""), type = "png", dpi = 200)

https://kumes.github.io/Blog/Rainbow_plot/C080.png

レインボー・カラー 透明度 60

#レインボー・カラー 透明度 60
col60 <- paste(substr(rainbow(10), 1, 7), "60", sep="")
col60
# [1] "#FF000060" "#FF990060" "#CCFF0060"
# [4] "#33FF0060" "#00FF6660" "#00FFFF60"
# [7] "#0066FF60" "#3300FF60" "#CC00FF60"
#[10] "#FF009960"

plot(Data, cex=10, pch=21, col=1, bg=col60, xlim=c(0,11), ylim=c(0,11))
#quartz.save(paste("C060.png", sep=""), type = "png", dpi = 200)

https://kumes.github.io/Blog/Rainbow_plot/C060.png

レインボー・カラー 透明度 40

#レインボー・カラー 透明度 40
col40 <- paste(substr(rainbow(10), 1, 7), "40", sep="")
col40
# [1] "#FF000040" "#FF990040" "#CCFF0040"
# [4] "#33FF0040" "#00FF6640" "#00FFFF40"
# [7] "#0066FF40" "#3300FF40" "#CC00FF40"
#[10] "#FF009940"

plot(Data, cex=10, pch=21, col=1, bg=col40, xlim=c(0,11), ylim=c(0,11))
#quartz.save(paste("C040.png", sep=""), type = "png", dpi = 200)

https://kumes.github.io/Blog/Rainbow_plot/C040.png

レインボー・カラー 透明度 20

#レインボー・カラー 透明度 20
col20 <- paste(substr(rainbow(10), 1, 7), "20", sep="")
col20
# [1] "#FF000020" "#FF990020" "#CCFF0020"
# [4] "#33FF0020" "#00FF6620" "#00FFFF20"
# [7] "#0066FF20" "#3300FF20" "#CC00FF20"
#[10] "#FF009920"

plot(Data, cex=10, pch=21, col=1, bg=col20, xlim=c(0,11), ylim=c(0,11))
#quartz.save(paste("C020.png", sep=""), type = "png", dpi = 200)

https://kumes.github.io/Blog/Rainbow_plot/C020.png

Rで使える他のカラーパレットについて

palette()関数を使います。

R4.0以降、デフォルトのカラーパレットが変わっています。 新しいパレットでは以前同様の色相を使用していますが、 輝度の点でよりバランスが取れており、極端に派手な色合いを避けています。

palette()関数のデフォルトカラー 透明度 FF

#プロットデータ
Data <- data.frame(X=1:8, Y=1:8)

#par設定
par(family="HiraKakuProN-W3", lwd=1.5, xpd=F, 
    mgp=c(2.5, 1, 0), mai=c(0.7,0.7, 0.2, 0.2))

#デフォルト・パレット
pal100 <- palette()
pal100
#[1] "black"   "#DF536B" "#61D04F" "#2297E6" "#28E2E5"
#[6] "#CD0BBC" "#F5C710" "gray62" 

plot(Data, cex=10, pch=21, col=1, bg=pal100, xlim=c(0,11), ylim=c(0,11))

#図保存 for Mac
#quartz.save(paste("P100.png", sep=""), type = "png", dpi = 200)

 

palette()関数のデフォルトカラー 透明度 75

#プロットデータ
Data <- data.frame(X=1:8, Y=1:8)

#par設定
par(family="HiraKakuProN-W3", lwd=1.5, xpd=F, 
    mgp=c(2.5, 1, 0), mai=c(0.7,0.7, 0.2, 0.2))

#デフォルト・パレット 75
pal75 <- paste(c("#000000", palette()[c(-1, -8)], "#9e9e9e"), "75", sep="")
pal75
#[1] "#00000075" "#F8766D75" "#00BA3875" "#619CFF75"
#[5] "#00BFC475" "#F564E375" "#B79F0075" "#9e9e9e75"

plot(Data, cex=10, pch=21, col=1, bg=pal75, xlim=c(0,11), ylim=c(0,11))

#図保存 for Mac
#quartz.save(paste("P75.png", sep=""), type = "png", dpi = 200)

まとめ

プロットの種類によるけど、透明度は60くらいが良さそうに思う。

よって、paste(substr(rainbow(10), 1, 7), "60", sep="")を推奨。

補足

実は、もっと簡単には、rainbowの引数であるalpha値を設定しよう。

alpha値を「1より小さい値」に設定することで、半透明の設定ができる。

以下が実施例である。

alpha値 0.5 で、半透明の設定

#データの準備
Data <- data.frame(X=1:10, Y=1:10)

#alpha値 0.5 で、半透明の設定
col50 <- rainbow(10, alpha =0.5)
par(family="HiraKakuProN-W3", lwd=1.5, xpd=T, 
    mgp=c(2.5, 1, 0), mai=c(0.7,0.7, 0.2, 0.2))
plot(Data, cex=10, pch=21, col=1, bg=col50, xlim=c(0,11), ylim=c(0,11))
quartz.save(paste("C050.png", sep=""), type = "png", dpi = 200)

レインボーを逆順にする

#レインボーを逆順にする
col50_r <- rainbow(10, alpha =0.5, rev = T)
par(family="HiraKakuProN-W3", lwd=1.5, xpd=T, 
    mgp=c(2.5, 1, 0), mai=c(0.7,0.7, 0.2, 0.2))
plot(Data, cex=10, pch=21, col=1, bg=col50_r, xlim=c(0,11), ylim=c(0,11))
quartz.save(paste("C050_r.png", sep=""), type = "png", dpi = 200)

ちょっと落ち着いた感じのレインボー・プロット

#ちょっと落ち着いた感じのレインボー・プロット
library(colorspace)
ColorSpa <- colorspace::rainbow_hcl(10, alpha = 0.5)
par(family="HiraKakuProN-W3", lwd=1.5, xpd=T, 
    mgp=c(2.5, 1, 0), mai=c(0.7,0.7, 0.2, 0.2))
plot(Data, cex=10, pch=21, col=1, bg=ColorSpa, xlim=c(0,11), ylim=c(0,11))
quartz.save(paste("C050_ColorSpa.png", sep=""), type = "png", dpi = 200)

【Rのジミ〜な小技シリーズ】

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*1:https://woma2.com/design/colorcodes-post-1203/

*2:透明度が分かるよう、あえてマーカーを重ねてみた

【Rのジミ〜な小技シリーズ】時々にしたくなる、Rの古いバージョンのパッケージ(The previous version packages)をインストールする件

はじめに

Rを使っていると、稀に、パッケージのバージョン違いで問題が起こることがあります。

そのとき、以前の古いバージョンのパッケージをインストールする必要がでてきます。。

今回はそういう時のお話です。

過去のバージョンのRパッケージをインストールする

以前のバージョンをインストールする場合には、まず、CRANのパッケージのページにいきます。

例えば、psychパッケージだと、以下のURLになります。

CRAN - Package psych

そこで、Downloads:にある、psych archiveをクリックして、アーカイブのページにはいります。

そこのアーカイブのなかから、必要なバージョンを探します。

ここでは、1つ前のバージョン 1.9.12 を入れるので、そのリンクをコピーします*1

次に、Rを起動して、以下の命令文を実行すれば、インストールは完了します。

さて、やってみましょう。

#さきほどのリンクをペーストする
URL <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/psych/psych_1.9.12.tar.gz"

#type="source"で実行する
install.packages(URL, repos=NULL, type="source")

#URL 'https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/psych/psych_1.9.12.tar.gz' を試しています 
#Content type 'application/x-gzip' length 1720133 bytes (1.6 MB)
#==================================================
#downloaded 1.6 MB
#
#* installing *source* package ‘psych’ ...
#**  パッケージ ‘psych’ の解凍および MD5 サムの検証に成功しました 
#** using staged installation
#** R
#** data
#*** moving datasets to lazyload DB
#** inst
#** byte-compile and prepare package for lazy loading
#** help
#*** installing help indices
#** building package indices
#** installing vignettes
#** testing if installed package can be loaded from temporary location
#** testing if installed package can be loaded from final location
#** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
#* DONE (psych)

つづいて、インストールしたpsychパッケージのバージョンを確認します。

packageVersion("psych")

まとめ

以前のバーション・過去バージョンのインストールは、 タマーにしないといけず、どうやったっけ?と戸惑うので、メモしておきます。。

ジミ〜〜ですが、大切なことですよね。

【Rのジミ〜な小技シリーズ】

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*1:アーカイブでは、下の方ほど、新しいパッケージです